Научные исследования на подведомственных ООПТ выполняются сотрудниками отдела науки ФГБУ «Нижне-Свирский государственный заповедник». Также осуществляется тесное сотрудничество со специалистами лучших научных учреждений нашей страны, таких как:

- Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (МГУ)
- Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ)
- Ботаническим институтом им. В.Л. Комарова Российской академии наук (БИН РАН)
- Карельским научным центром РАН
- многих других.

Оcновное внимание уделяется ценным природным комплексам и видам, занесённым в Красные книги и аналогичные документы. В то же время регулярно выполняется мониторинг охотничьих животных и других объектов. Отдельным направлением является исследование мигрирующих птиц на Ладожской орнитологической станции на основе фиксирования их морфо-физиологических показателей и кольцевания. Сотрудники заповедника выполняют исследования, которые не ограничиваются его территорией, и адресуются к разным задачам природоохранной тематики. В качестве теоретической основы рассматривается «гэп-анализ» - выявление наиболее существенных пробелов в системе знаний о природе вообще и заповедника в частности, и их последовательное заполнение, поэтому тематика работ меняется: в недавнее время велись исследования проникновения кабана в бореальную зону (в том числе и на территорию заповедника), миграций летучих мышей, расселения бобров, гнездования редких видов куликов. Ежегодно проводится актуализация информации фауне и флоре ООПТ, а также оценка их экологического состояния. Результаты проводимых работ регулярно представляются в:

- различных кадастрах

- публикациях

- выступлениях на научных конференциях

- Летописи природы заповедника

- на собственном сайте

- публичных сообществах в социальных сетях.