Беспозвоночные

Изучением фауны беспозвоночных занимались как сотрудники заповедника, так и сторонние исследователи: специалисты ЗИН РАН, а также представители различных ВУЗов нашей страны и зарубежья. Всего на 2010 г. найдено около 2000 видов. Наиболее подробно рассмотрены фауны жуков – более 600 видов, пауков – более400 видов, чешуекрылых – более 300 видов, двукрылых – около 130 видов, клещей – 120 видов, перепончатокрылых – около 110 видов, полужесткокрылых – 60 видов.

Среди насекомых на территории заповедника встречены фигуранты "Красной книги Российской Федерации". ЭтоCarabus menetriesi Humm., Osmoderma eremite (Scop.) и Parnassius mnemosine (L.)

В течение 25 лет ведется мониторинг фауны беспозвоночных герпетобия в типичных биотопах заповедника.

Рыбы и миноги
В воде скрыта масса интересных вещей, недоступных для  глаз сухопутных наблюдателей.

Рептилии
Слово "пресмыкающиеся" очень точно передает основную черту этих животных: все они не отрывают или почти не отрывают брюха от земли.  Ноги ящериц не приспособлены к длительному бегу, поэтому в случае опасности они поскорее скрываются в ближайшем укрытии. Встречающиеся у нас змеи и безногие ящерицы (а есть и такие) отчаянно извиваются, пытаясь развить скорость поприличней, но не приподнимают при этом тело над землей. Несмотря на то, что рептилии начисто отказались от услуг водной среды при размножении, они остались холоднокровными, как лягушки. Их активность напрямую зависит от температуры воздуха, вот почему первые весенние встречи с этими животными происходят именно тогда, когда змеи и ящерицы разогреваются на солнечной проталинке у пенька.

Амфибии
Амфибии наиболее близки к рыбам по своему типу развития. Они никак не могут навсегда расстаться с водной средой: их размножение и развитие молоди проходят в воде. Дышащие жабрами личинки лягушек и жаб претерпевают метаморфоз, т.е. у этих животных непохожие на взрослых дети первых возрастов превращаются в маленьких сеголеток, сходных по облику с родителями. Теперь они пользуются для дыхания легкими. Сеголетки живущих в заповеднике амфибий покидают воду, перебираясь на берег, где они проводят всю жизнь. Достигнув половой зрелости в возрасте 3-4 лет, амфибии вынуждены ежегодно возвращаться к водоемам для участия в размножении. Поэтому их называют земноводными, то есть ведущими "двойную жизнь" (так звучит в переводе слово "амфибии") на суше и в воде. Потери на пути развития этих животных очень велики. При величине кладки у лягушки около 2000 икринок, выживают лишь отдельные  экземпляры. Встретить амфибию старше 6-7 лет можно чрезвычайно редко.

Птицы
Среди многих животных, населяющих территорию заповедника, птицы принадлежат к существам наиболее интересным и привлекательным. Быстрый полет, легкие и ловкие движения, нарядная окраска, музыкальные голоса и, наконец, возможность без особых усилий созерцать их, невольно привлекают всякого, кто хоть сколько-нибудь интересуется живой природой.

Млекопитающие
В фауне заповедника насчитывается 45 видов. Наибольшее  видовое разнообразие -  в отрядах грызунов (17 видов) и хищных зверей (13 видов). При этом благополучие многих видов хищных находится в прямой зависимости от численности мышевидных грызунов.