Территория
Территория заповедника расположена на правом берегу реки Свирь от урочища «Старый Кол» (59 квартал) до устья, где Свирь впадает в Ладожское озеро. Общая площадь заповедника составляет 42390 га., из которых 5000 га., приходится на долю акватории Свирской губы Ладожского озера. Территория суши протянулась с севера на юг примерно на 41 км., а с запада на восток в наиболее широком месте – на 15 км. Границы заповедника на суше обозначены просеками, по которым стоят граничные знаки: указатели и аншлаги, предупреждающие о том, что здесь находится заповедник.
Границы заповедника
СЕВЕРНАЯ С запада на восток по границе Ленинградской области. С Карелией от берега Ладожского озера по западным просекам кварталов 96, 91., северным просекам кварталов 91, 92, 93, 94, 95, 25 через Сегежское озеро, разделяя его пополам, западным просекам кварталов 12, 6, 1, северным просекам кварталов 1, 2, 3, 4, 5.
ВОСТОЧНАЯ С севера на юг по восточным просекам кварталов 5, 11, 17, 24, 34, 46, северной просеки 59 кв., далее по р. Свирь до юго-восточного угла (пересечения просек) 73 кв.
ЮЖНАЯ По южной и западной просеке кв. 73, западной просеке 71 кв. и 69 кв., восточной и южной просеке кв. 68, южным просекам кварталов 66, 67, огибая здесь земли заповедника. Далее в 66 кв. граница вновь выходит на р. Свирь и проходит вниз по течению до протоки р. Лисья, огибая острова и протоки: о. Гнильное (кв.76), о. Сенные (кв. 87), верхнюю часть острова и протоки Корелка (кв. 142), которые входят в состав заповедника. В районах заливов Лахтинского и Засвирского граница проходит по их устью.
ЗАПАДНАЯ От р. Свирь по фарватеру протоки Лисья, далее от устья протоки Лисья на северо-запад и север по акватории Свирской губы Ладожского озера на расстоянии 2,8 км. от берега до юго-западного угла в районе р. Ситика.
Рельеф
Территория Нижне-Свирского государственного природного заповедника по ботанико-географическому районированию находится в Валдайско-Онежской подпровинции Североевропейской таёжной провинции Европейской таёжной области. Общий характер рельефа заповедника – равнинный. Наибольший интерес представляют формы рельефа озёрно-ледникового происхождения: береговые валы Ладожского озера и некоторые озёрные котловины. Формирование рельефа связано как с деятельностью волн древних морей, так и с работой проходившего здесь ледника. Рельеф слабо переработан эрозией. Высоты территории заповедника достигают 22-24 метров над уровнем моря (абсолютный максимум составляет 30,7 м.) Средняя отметка уровня Ладожского озера составляет 4 м. Уклон дна мелководной Свирской губы незначителен (менее 10').
Рельеф заповедника также носит следы антропогенных воздействий. На протяжении всей Великой Отечественной Войны 1941-1945 гг. граница боевых действий проходила по р. Свирь. Её берега представляли собой военные укрепления, многочисленные следы которых видны до сих пор (окопы, землянки, насыпи военных дорог, противотанковые рвы и т.д.).